Pelabuhan Benoa berdiri sejak tahun 1924, sebagaimana tertuang dalam Stb. 1924 No. 378, pada masa penjajahan Belanda di Denpasar. Pada awalnya, yurisdiksi pelabuhan dan aktivitasnya ditentukan oleh peta pelabuhan zaman Belanda yang didokumentasikan dalam Staatsblad nomor 16 tanggal 8 Januari 1926.
Kemudian, Kementerian Dalam Negeri dan Kementerian Perhubungan secara bersama-sama menetapkan batas wilayah kerja pelabuhan dan wilayah kepentingan dalam surat keputusan nomor 15 Tahun 1990/KM.18 Tahun 1990 yang dikeluarkan pada tanggal 14 Februari 1990. Sebagai pengakuan atas keunggulannya jasa, Pelabuhan Benoa dianugerahi Best Port Welcome oleh majalah Dream World Cruise Destination pada tahun 2010.
Pelabuhan ini terletak di Denpasar Selatan, Bali, sekitar 8 km dari Kabupaten Kuta melalui Jl. Bypass Ngurah Rai, dan berjarak 8,6 km dari Sanglah Denpasar melalui Jalan Diponegoro Sesetan. Mereka yang masuk ke pelabuhan dikenakan biaya distribusi di loket gerbang pelabuhan Benoa.
Pelabuhan Benoa berlokasi strategis di dekat pintu masuk tol Bali Mandara, dapat diakses melalui desa Pesanggaran di Denpasar. Saat ini, pengembangan pelabuhan berfokus pada kearifan lokal Bali dan kesadaran lingkungan, menampilkan pengaruh Bali dan ruang hijau, sehingga sesuai dengan citra Bali sebagai tujuan wisata yang populer.
