Pada 5 Februari 1963, Gubernur Bali Anak Agung Bagus Sutedja setuju pembangunan pura tersebut yang secara resmi bernama Pura Agung Jagatnatha. Selanjutnya, pada 1 Januari 1965, panitia meminta kesediaan Anak Agung Ketut Anggara dari Banjar Belong, Denpasar, untuk membuatkan gambar bangunan sekaligus memimpin para undagi (ahli bangunan) untuk mengerjakan pembangunan pura tersebut.
Saat pecah peristiwa 30 September 1965, proses pengerjaan pembangunan pura tersebut sempat terhambat. Pada 28 Juli 1967, dasar bangunan Padmasana berupa Bedawang Nala dapat diselesaikan. Selanjutnya, 15 Oktober 1967, pembangunan Padmasana sudah sampai pada bagian madya atau tengah.
Pada 13 Desember 1967, seluruh bangunan Padmasana dapat diselesaikan. Pada 5 Februari 1968, pembangunan Candi Bentar sudah rampung. Dan, pada tanggal 13 Mei 1968, tepatnya pada Purnama Jiyestha (hari suci bagi umat Hindu, dirayakan untuk memohon berkah dan karunia dari Hyang Widhi), pura ini diresmikan.
Menurut Widyanegara, Pura Agung Jagatnatha memiliki keistimewaan atau keunikan yaitu tidak adanya Pengempon (kelompok masyarakat yang mengelola pura ini). Pura Agung Jagatnatha hanya memiliki beberapa orang yang mengelola dana mulai dari pembangunannya sampai untuk upacara sehari-hari.
Lokasi pura Agung Jagatnatha memang sangat strategis di tengah pusat kota Denpasar, terletak di sebelah Timur lapangan Puputan Badung, bersebelahan dengan objek wisata Museum Bali tepatnya di Jln. Mayor Wisnu. Memasuki areal pura anda akan merasakan ketenangan dan kenyamanan bisa memberikan nuansa berbeda saat anda jenuh dengan keramaian kota.