Makam Ratu Ayu Siti Khodijah ini merupakan bukti multikuralisme sudah sejak lama ada di Kota Denpasar. Makam ini berada di utara Setra Agung Badung, Desa Pekraman Denpasar. Tepatnya di sebelah timur Pura Dalem Kahyangan Denpasar.
Ratu Ayu Siti Khodijah Pemecutan, merupakan makam salah satu putri Raja Pemecutan bernama Gusti Ayu Made Rai atau disebut juga dengan Raden Ayu Pemecutan. Namun tidak jelas dari Raja Pemecutan yang mana. Ia menikah dengan putra Raja Bangkalan yang bernama Raden Sosroningrat. Setelah pernikahan mereka, Dewi Ayu diajak ke Madura, memeluk agama Islam dan berganti nama menjadi Siti Khotijah.
Cerita awal sang Raden Ayu Pemecutan, seperti cerita legenda putri-putri keraton di seluruh nusantara. Sang putri terkenal cantik dan disayang hingga menjadi kembang kerajaan. Tak sedikit para pembesar kerajaan di Bali yang ingin meminang sang putri. Namun musibah datang, sang putri mengidap penyakit kuning. Raja Pemecutan berusaha untuk menyembuhkan sang anak kesayangan, namun tak berhasil menyembuhkan sang putri. Hingga Raja Pemecutan membuat sebuah sayembara yang bisa menyembuhkan penyakit sang putri, jika perempuan akan diangkat jadi anak raja dan jika laki-laki akan di kawinkan dengan Raden Ayu Pemecutan.
Kabar tentang sayembara ini terdengar oleh seorang ulama di Yogyakarta dan mempunyai seorang anak didik yang jadi raja di Madura yaitu Pangeran Cakraningrat IV. Ulama yang dalam buku Sejarah keramat Raden Ayu Pemecutan disebut Syech ini memanggil Pangeran Cakraningrat IV ke Yogyakarta untuk mengikuti sayembara tersebut. Raja Madura ini berangkat ke Bali, hasilnya dapat ditebak Raden Ayu Pemecutan dapat disembuhkan oleh Pangeran Cakraningrat IV.
Setelah sang putri sembuh, lalu Raden Ayu Pemecutan dan Pangeran Cakraningrat IV dikawinkan. Tentunya dalam perkawinan muslim, keduanya harus beragama Islam, Raden Ayu Pemecutan pun jadi mualaf dan bergelar Raden Ayu Siti Khotijah. Sang putri lalu di boyong ke Madura oleh Pangeran Cakraningrat IV.
Suatu ketika Raden Ayu pulang ke Bali beserta 40 orang pegiring dan pengawal. Pangeran Cakraningrat IV memberikan bekal berupa guci, keris dan sebuah pusaka berbentuk tusuk konde yang diselipkan di rambut sang putri. Sesampainya di kerajaan Pamecutan, Siti Khotijah disambut dengan riang gembira. Namun, kala itu tidak ada yang mengetahui bahwa sang putri telah memeluk agama Islam. Suatu hari ketika ada suatu upacara Meligia atau Nyekah yaitu upacara Atma Wedana yang dilanjutkan dengan Ngelingihan (Menyetanakan) Betara Hyang di Pemerajan (tempat suci keluarga) Puri Pemecutan, Raden Ayu Pemecutan berkunjung ke Puri tempat kelahirannya. Pada suatu hari saat sandikala (menjelang petang) di Puri, Raden Ayu Pemecutan alias Raden Ayu Siti Kotijah menjalankan persembahyangan (ibadah sholat maghrib) di Merajan Puri dengan menggunakan Mukena (Krudung). Ketika itu salah seorang Patih di Puri melihat hal tersebut. Para patih dan pengawal kerajaan tidak menyadari bahwa Puri telah memeluk islam dan sedang melakukan ibadah sholat. Menurut kepercayaan di Bali, hal tersebut dianggap aneh dan dikatakan sebagai penganut aliran ilmu hitam.
Akibat ketidaktahuan pengawal istana, ‘keanehan’ yang disaksikan di halaman istana membuat pengawal dan patih kerajaan menjadi geram dan melaporakan hal tersebut kepada Raja. Mendengar laporan Ki Patih tersebut, Sang Raja menjadi murka. Ki Patih diperintahkan kemudian untuk membunuh Raden Ayu Siti Khotijah. Raden Ayu Siti Khotijah dibawa ke kuburan areal pemakaman yang luasnya 9 Ha. Sesampai di depan Pura Kepuh Kembar, Raden Ayu berkata kepada patih dan pengiringnya “aku sudah punya firasat sebelumnya mengenai hal ini. Karena ini adalah perintah raja, maka laksanakanlah. Dan perlu kau ketahui bahwa aku ketika itu sedang sholat atau sembahyang menurut kepercayaan Islam, tidak ada maksud jahat apalagi ngeleak.” Demikian kata Siti Khotijah.
Raden Ayu berpesan kepada Sang patih “jangan aku dibunuh dengan menggunakan senjata tajam, karena senjata tajam tak akan membunuhku. Bunuhlah aku dengan menggunakan tusuk konde yang diikat dengan daun sirih serta dililitkan dengan benang tiga warna, merah, putih dan hitam (Tri Datu), tusukkan ke dadaku. Apabila aku sudah mati, maka dari badanku akan keluar asap. Apabila asap tersebut berbau busuk, maka tanamlah aku. Tetapi apabila mengeluarkan bau yang harum, maka buatkanlah aku tempat suci yang disebut kramat”.
Setelah meninggalnya Raden Ayu, bahwa memang betul dari badanya keluar asap dan ternyata bau yang keluar sangatlah harum. Peristiwa itu sangat mengejutkan para patih dan pengawal. Perasaan dari para patih dan pengiringnya menjadi tak menentu, ada yang menangis. Sang raja menjadi sangat menyesal dengan keputusan belia . Jenasah Raden Ayu dimakamkan di tempat tersebut serta dibuatkan tempat suci yang disebut kramat, sesuai dengan permintaan beliau menjelang dibunuh. Untuk merawat makam kramat tersebut, ditunjuklah Gede Sedahan Gelogor yang saat itu menjadi kepala urusan istana di Puri Pemecutan
