Struktur Pura Dalem Jumeneng adalah tri mandala, yaitu terdiri dari jaba sisi (nista mandala) berada di sisi utara, jaba tengah (madya mandala), dan jeroan (utama mandala) berada di sisi selatan. Secara simbolis tiga halaman ini dihubungkan dengan konsep Tri Bhuwana yaitu tingkatan alam semesta (bhuwana agung) seperti nista mandala melambangkan bhurloka yaitu alam fana tempat manusia, madya mandala melambangkan bwahloka yaitu alam pitra/roh atau alam peralihan, dan utama mandala melambangkan swahloka yaitu sebagai alam para dewa atau dunia baka. Jaba sisi (nista mandala) tidak dikelilingi oleh tembok, tetapi berupa sebuah halaman terbuka yaitu Jalan Segara Ayu.
Utama mandala (jeroan/halaman paling suci) dan madya mandala (jaba tengah) dikelilingi oleh tembok keliling terbuat dari susunan batu gamping (karang laut) dibatasi dengan candi bentar terbuat dari susunan batu padas. Halaman utama mandala terdapat bangunan-bangunan utama dan penunjang dalam melaksanakan kegiatan keagamaan pemujaan, seperti Penyawangan Gunung Agung, Penyawangan Gunung Batur, Palinggih Dalem Segara, Palinggih Penyarikan, Palinggih Manik Kembar, Palinggih Linggih Bhatara Bayu, Palinggih Ratu Mas Melanting, Palinggih Jilih Lambih, Bale Pawedan Bhatara Bayu, Palinggih Ratu Niang Gobleh, Piyasan, Bale Tajuk, Bale Paruman, Pale Pawedan, Bale Gong, Aling-aling, Bale Kulkul, Wantilan, dan Palinggih Linggih Ratu Dalem Peed.
Punden berundak dan tahta batu di Pura Segara jika ditinjau dari keilmuan arkeologi, dapat dikatakan sebagai tinggalan yang berasal dari masa prasejarah akhir, tepatnya pada masa tradisi megalitik yang masih berlanjut hingga awal masa sejarah (protohistoris). Struktur punden berundak sebagai hasil budaya masa tradisi megalitik berlanjut hingga saat ini masih tetap bertahan dan dimanfaatkan oleh masyarakat pendukungnya sebagai media pemujaan, hal tersebut dapat disebut juga dengan living megalithic tradition.
Susunan punden berundak di Pura Segara berjumah empat buah struktur, yaitu punden berundak paling besar disisi selatan menghadap ke barat sebagai Penyawangan Gunung Agung, Penyawangan Gunung Batur, Palinggih Dalem Segara, dan Palinggih Penyarikan. Terdapat juga punden berundak sebagai Linggih Bhatara Bayu, punden berundak sebagai Linggih Ratu Mas Melanting dan Linggih Ratu Jilih Lambih, serta terdapat juga tahta batu Linggih Ratu Manik Kembar.
Setelah mengetahui letak kondisi geografis, latar belakang sejarah, struktur, dan karakteristik Pura Segara, sekarang dibahas potensi-potensi heritage menarik yang terkandung di dalamnya, sehingga nantinya dapat sebagai daya tarik wisata heritage di kawasan Sanur, seperti punden berundak, tahta batu, sumur, menhir, dan kedok muka.